あらためて中小企業・フリーランスにおけるインボイス制度対応の基本をおさらい

2025年7月24日

こんにちは。千代田区水道橋の税理士竹岡悟郎です。今回はインボイス制度について、今改めておさらいとしてお伝えできればと思います。

2023年10月から始まった「インボイス制度」。皆さんの中にも徐々に浸透してきたでしょうか。「うちのような小さな会社や個人事業主にも関係あるの？」「請求書を少し直せばいいだけ？」、そのように思われる事業者様もまだ多いと思います。

でも、インボイス制度はすべての事業者に関係のある制度です。特に、免税事業者であるフリーランスや小規模な事業者にとっては、今後の取引に大きな影響を与える可能性もあります。

この記事では、改めてインボイス制度の基本から、中小企業・フリーランスが今後どのように対応していくべきかを、わかりやすくご説明します。

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インボイス制度とは何か？

〜「売手」も「買手」も対応が必要に〜

インボイス制度（適格請求書等保存方式）は、消費税の仕入税額控除を受けるために「適格請求書（インボイス）」の保存が必須となる制度です。これまでの「区分記載請求書」に比べ、記載事項が増えました。具体的には次の3点が追加されます。

適格請求書発行事業者の登録番号
税率ごとの消費税額
適用税率の明記

このインボイスを発行できるのは、所定の手続きを経て登録された「適格請求書発行事業者」のみ。免税事業者や未登録の課税事業者は発行できません。

仕入側（買手）は、適格請求書がなければ消費税の仕入控除が受けられなくなります。つまり、「売手」がインボイスに対応していないと、「買手」が困ってしまう。これが制度の肝です。

中小企業・フリーランスの「売手」としての対応

〜登録・請求書の整備・経営判断〜

適格請求書発行事業者になるには？

まず、インボイスを発行したい場合は「登録申請」が必要です。課税事業者が税務署へ申請することで登録を受けられますが、免税事業者の場合は、まず課税事業者になる手続きから始める必要があります。

注意点として、登録した後は売上が1,000万円を下回っても消費税の申告義務が続きます。登録を解除しない限り、ずっと課税事業者です。

請求書フォーマットの見直し

登録後は、インボイス制度に対応した請求書を発行できるよう準備します。従来の請求書では記載項目が不足するため、使用中の様式を見直しましょう。インボイスには「登録番号」「税率」「消費税額の区分記載」などの正確な記載が必要です。

また、値引きや返品があった場合の「返還のインボイス」、記載ミスへの「修正のインボイス」、そしてその「写しの保存（7年間）」も義務になります。

課税事業者になるべきかどうかの判断

免税事業者のままでいるか、課税事業者になるか。この判断は慎重に行う必要があります。取引先が仕入控除できないことを理由に契約見直しを求めてくることもあるため、取引の継続可否や納税への対応力なども含めた総合的な経営判断が重要です。

小規模な事業者には、納税負担を軽減する「2割特例（3年間限定）」などの制度もありますので、これらを上手に活用することもポイントです。

「買手」としてのインボイス制度への備え

〜社内体制と取引先との連携がカギ〜

社内への制度周知とチェック体制の構築

経理担当者はもちろんのこと、営業担当者や発注担当者にもインボイス制度の基本的な理解が求められます。なぜなら、制度に沿ったインボイスを受け取れないと、仕入税額控除ができず、余計な税負担が発生してしまうからです。

社内でインボイスの確認手順やチェックリストを作成し、記載漏れや誤記載を見逃さないようにしましょう。

取引先とのコミュニケーションを強化する

取引先がインボイス発行事業者かどうかを事前に確認することが、今後の円滑な取引に欠かせません。登録番号の有無や、インボイスの発行方法（郵送・メール・クラウド等）についてもあらかじめ確認しておきましょう。

免税事業者が取引先にいる場合には、将来的な取引継続の可否、価格の見直し、経過措置の適用など、慎重に検討を重ねる必要があります。

フリーランス・個人事業主にとっての現実

〜選択と判断に揺れる立場〜

課税事業者になるかどうかの分岐点

フリーランスや個人事業主にとっても、インボイス制度は大きな分かれ道。課税事業者になると消費税の申告や会計処理が発生し、事務負担が増えます。

一方で、取引先が課税事業者である場合、免税事業者のままでは敬遠されるリスクもあります。契約更新を断られたり、単価を下げられたりする可能性もゼロではありません。

税理士としては、顧客に寄り添いながら、納税シミュレーションを通じて判断材料を提供することが求められるでしょう。

課税事業者になるなら知っておきたいこと

登録申請はもちろんですが、請求書の発行や消費税の記帳・申告にも対応する必要があり、加えて帳簿やインボイスの保存、経費の集計など、一定の事務体制が必要です。

特に初めて課税事業者になる方には、「2割特例」や「簡易課税制度」など、負担を抑える制度を丁寧に案内することが、スムーズな制度移行のカギとなります。

実務で押さえておきたい３つの制度

〜売手・買手の両方に影響するルール〜

①2割特例（売手向け）

インボイス発行事業者になったばかりの小規模事業者は、3年間（2023年10月１日から2026年９月30日までに属する課税期間）、売上に係る消費税の2割（例えば売上が税抜500万円の場合、500万円×10％×20％＝10万円）のみ納税すればよいという特例が用意されています。簡易な計算で済み、負担も小さく、制度移行のハードルを下げることができます。

②簡易課税制度（売手向け）

業種ごとに設定されたみなし仕入率で仕入控除を計算する制度で、特にサービス業を行う事業者には向いています（商品等を仕入がなく消費税がかからない経費が多い事業者）。原則課税より手間が少なく、一定の納税額で済むため、検討の価値があります。

③経過措置（買手向け）

免税事業者からの仕入でも、制度開始から6年間は一定割合（2023年10月１日から2026年９月30日まで……仕入税額相当額の80％、2026年10月１日から2029年９月30日まで……仕入税額相当額の50％）で仕入税額控除が可能です。急激な変更を避けるための緩和措置ですが、経過措置終了後に向けた備えは欠かせません。