一括売買した土地建物の内訳が不明なときの「合理的な按分」とは

2026年2月11日

こんにちは。東京都千代田区水道橋で開業しています、税理士の竹岡悟郎です。

不動産を土地と建物まとめて売買する場面は多かったりしますが、売買契約書や請求書に土地と建物の金額が書かれていない（または書かれていても根拠が薄い）ことがあります。
それで困るのが、「土地と建物の取得価額（譲渡対価）をどう分けるか＝価額按分」です。

按分は、消費税の計算だけでなく、買主側の減価償却、将来の売却損益（譲渡所得・譲渡益）の計算にも影響してきます。

結論としては、合理的に説明できる根拠で按分することになります。

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土地と建物では税金の扱いが違う

消費税：土地は非課税、建物は原則課税

消費税の世界では、土地の譲渡は非課税、一方で建物部分は原則として課税対象になります。
そのため総額いくらで売った（買った）だけだと、建物に対応する金額が分からず、課税標準を出せません。そこで按分という作業が必要になります。

※例外的に、個人がマイホームを売るなど「事業としての譲渡」に当たらない場合は、建物でも不課税になり得ます。ここは取引の性質で結論が変わるので注意です。

所得税・法人税：建物は減価償却、土地はしない

所得税・法人税の計算では、建物は時間とともに価値が減る資産として減価償却費を計上できますが、土地は原則として減価償却しません。

つまり買主にとっては、建物割合が大きいほど（一定の範囲で）当期以降の費用化が進み、利益が圧縮されやすい一方で、将来売却時には未償却残高が小さくなり「売却益が出やすくなる」面もあります。短期の節税だけでなく、出口まで含めて設計するのが重要です。

内訳が不明なときの按分は「優先順位」がある

実務では、いきなり固定資産税評価額で割る前に、次の順番で確認します。

① 契約書・重要事項説明書・請求書に内訳や消費税額の手掛かりがないか

国税庁の考え方としても、契約で区分されており、その区分が「おおむね適正」なら契約区分を使うということが明確です。
ただし後述のとおり、「書いてあれば絶対」ではありません。

② 消費税額の記載から建物価額を逆算できないか（買主側でよく使う）

契約書に消費税額が明記されているときは、建物価格を逆算できることがあります。代表的には次のイメージです（税率10%の場合）。

外税表示（建物代金＋消費税が別立て）なら：建物税抜＝消費税額÷0.1
内税表示（建物税込に消費税が含まれている）なら：記載の仕方により逆算手順が変わるので、契約書の表現を丁寧に確認

消費税率は購入時期で異なることがあるため、その点も合わせて確認が必要です。

③ それでも無理なら「合理的な方法」で按分する

国税庁は、土地建物一括譲渡で内訳がない場合の考え方として、按分方法を複数提示しています（時価比・評価額比・原価基準など）。
要するに、取引の実態に照らして説明できる方法を採用し、資料で裏付けることがポイントです。

よく使う按分方法4つと、選び方のコツ

ここからが実務的に深い話へとなっていきますが、「どれが正解」というより、その取引で一番説明力がある方法を選びます。

1) 固定資産税評価額による按分（最も使われやすい）

土地と建物の固定資産税評価額を使い、比率で総額を振り分ける方法です。
自治体がしっかり？評価しているため使いやすく、資料入手もしやすいのがメリットです。実務上よく用いられる一方、近年では実際に売買される価額とかけ離れている場合もあり、場合によっては当局の目線も厳しくなりやすい、という指摘もあります。

資料の取り方：固定資産税課税明細書、固定資産評価証明書など
計算イメージ：
建物割合＝建物評価額 ÷（土地評価額＋建物評価額）
土地割合＝土地評価額 ÷（土地評価額＋建物評価額）

※消費税（建物は課税）をどう織り込むかで、評価額比をそのまま使う方法・建物側に税率分を加味する方法など、複数の設計があり得ます。大切なのは「なぜその計算が合理的か」を説明できることです。

2) 不動産鑑定（時価）による按分（説明力は強いがコスト高）

譲渡時点の土地・建物それぞれの時価を、鑑定評価などで把握して比率按分する方法です。
コストはかかりますが、税務調査対応の観点では説得力が高くなりやすいです。

一方で裁判例の世界では、固定資産税評価額より鑑定評価を重視して判断した事例が紹介されていたりします。

つまり、ケースによっては「固定資産税評価額＝絶対優位」とは限らない、ということです。

3) 相続税評価額による按分（“時価の目安”として使う）

財産評価基本通達ベースで土地・建物の評価額を出し、その比率で按分する考え方です。

固定資産税評価額と同じく、比較的ルール化しやすい一方、これも実勢価格とズレることがあるので、採用理由をセットでまとめておく必要があります。

4) 「建物の標準的な建築価額表」による按分（取得が昔過ぎてで資料がないとき）

過去に買った不動産を売る場面など、そもそも取得時資料が残っていないことがあります。
そのようなときに、国税庁が公表する「建物の標準的な建築価額表」を使って、建物取得価額の目安を出し、総額から差し引いて土地を求める方法が現実的です。

ただし国税庁も、「契約書で区分がある」「消費税額から建物価額が把握できる」などの場合は、この表は使わない整理にしています。つまり最後のカードとして位置付ける感じで、滅多には使わない印象ですね。

「契約書に内訳がある」でも安心しきれない

ここがよく誤解されやすいのですが、
契約書に土地・建物の金額が書かれていても、それが客観的価値と比べて不自然だと、税務署から合理性を問われることがあります。

TAINSなんかで確認できますが、消費税をめぐる訴訟で、最終的に最高裁判所で上告が受理されない決定が通知されたことが開示されているものがあります（＝国税側の考え方が維持された形）。この流れは、実務上も「極端な内訳は通りにくい」空気感につながっています。

また、土地（借地権）と建物の価額区分が争われた事案で、大阪地方裁判所は、固定資産税評価額等を用いた按分の合理性に言及しつつ、取引実態に合う合理的な配分の必要性を述べている、というものもあったりします。

結局のところ、当局が見ているのは「形式」よりも、
その按分が“取引の実態として自然か”“説明可能か”という点ではないでしょうか。

売主・買主それぞれの実務ポイント（箇条書きは最小限で）

売主側：契約前に揉めない設計を

売主が課税事業者の場合、建物割合を小さくすると消費税負担は下がります。しかし、やりすぎると否認リスクが上がります。

取引スピードやコストの事情で鑑定が難しいなら、固定資産税評価額ベースを軸にしつつ、周辺資料（修繕履歴、収益性、近隣取引など）で「なぜその比率か」といった形で固めていくのが現実的ではないでしょうか。